チュートリアル¶
順問題ソルバーとして用意されている sim_trhepd_rheed は、東北大学の花田貴先生によって開発された全反射高速(陽)電子回折(RHEED, TRHEPD)の解析ソフトウェアをベースに作成されています。
TRHEPDでは、与えられた原子位置に対して回折データのシミュレーションを行います。 これを原子位置から回折データへの順問題としたとき、実験で得られた回折データを再現するように原子位置を推定する逆問題を考えます。 ODAT-SEでは、逆問題を解くためのアルゴリズムとして、以下の5つのアルゴリズムが用意されています。
minsearchNelder-Mead法
mapper_mpi与えられたパラメータの探索グリッドを全探索
bayesベイズ最適化
exchangeレプリカ交換モンテカルロ法
pamcポピュレーションアニーリング法
本チュートリアルでは、最初に順問題プログラム sim_trhepd_rheed の実行方法を説明した後、
minsearch, mapper_mpi, bayes, exchange, pamc による逆問題解析の実行方法について順に説明します。以下では odatse-STR に付属の odatse-STR プログラムを利用し、TOML形式のパラメータファイルを入力として解析を実行します。
チュートリアルの最後に、ユーザープログラムの項で、メインプログラムを自分で作成して使う方法を minsearch を例に説明します。